Beim Gang hinab in die unterirdischen Reste der Kirche reist man zurück in frühchristliche Zeit. In der Krypta San Marziano befindet sich der Altar, an dem im Jahr 61 der Apostel Paulus predigte. Daran schließen sich labyrinthartige Katakomben mit einer Nekropole des 4. bis 6. Jhs. an.